حدود ۷۰ درصد از بهای تمام شده شیر خام تولیدی در دامداری‌ها، مربوط به نهاده دامی و همچنین در واحدهای تولیدی، حدود ۷۰ درصد از بهای تمام‌شده مربوط به شیر خام است.
کاهش نقدینگی دامداری‌ها و شرکت‌های تولیدی فرآورده‌های لبنی
از دیگر چالش‌های مهم در این صنعت، کمبود نقدینگی دامداری‌ها و بنگاه‌های تولیدی است. دامداری‌ها و شرکت‌های لبنی باید از حمایت کافی جهت تامین نقدینگی برخوردار باشند. نادیده گرفتن این مساله می‌تواند بنگاه‌های تولیدی اعم از دامی و لبنیاتی را به تعطیلی بکشاند و در نتیجه موجب بیکاری تعداد زیادی از نیروی کار جوان و فعال در جامعه شود.
مشکلات تامین مواد اولیه و بسته‌بندی
واردکنندگان فعال مواد اولیه و بسته‌بندی را با ارز ۴۲۰۰۰ریالی وارد و تامین می‌کردند و میزان سرمایه در گردش‌شان کفایت می‌کرد. اما در حال حاضر با حذف ارز ترجیحی، واردکنندگان توان تامین و واردات این مقدار از مواد اولیه و بسته‌بندی را نداشته که این موضوع می‌تواند شرکت‌های تولیدی را با کاهش ظرفیت یا تعطیلی خطوط و بحران‌های مالی شدید دیگر مواجه کند.
کاهش علاقه‌مندی به سرمایه‌گذاری در بخش صنعتی دامداری و کارخانه فرآوری
با توجه به حذف ارز ترجیحی و افزایش هزینه‌های ناشی از آن در صورت عدم جبران این حذف، سرمایه‌گذاری در بخش دامداری و فرآوری به‌شدت کاهش یافته و حتی ممکن است به کاهش تولید شیرخام و محصولات تولیدی در کشور منجر شود.
کاهش رقابت در بازارهای صادراتی
این موضوع یکی از چالش‌های بسیار مهم ناشی از حذف ارز ترجیحی در کشور است. به دلیل افزایش قیمت شیر خام و هزینه‌های مترتبه و همچنین تشدید قیمت در محصولات لبنی و افزایش بهای تمام‌شده این محصولات، قدرت رقابت در بازارهای صادراتی به‌شدت کاهش یافته و به مرور زمان و در صورت ادامه روند، منجر به حذف حضور در بازارهای صادراتی خواهد شد.
کاهش سهم بازار داخل کشور
به دلیل افزایش هزینه‌های سربار و تامین شیر خام با قیمت بالا و همچنین افزایش بهای تمام‌شده محصول، برخی یا تمام محصول تولیدی شرکت در حاشیه زیان قرار گرفته و شرکت تولیدی از لحاظ اقتصادی با چالش‌های فراوانی مواجه خواهد شد. از سوی دیگر با توجه به قدرت خرید مردم برای خرید محصولات لبنی گران ناشی از حذف ارز ترجیحی به مرور زمان سهم بازار داخلی نیز کاهش خواهد یافت.
کاهش سرانه مصرف شیر و فرآورده‌های لبنی
از آنجا که حذف ارز ترجیحی تاثیر مستقیم بر افزایش بهای تمام‌شده محصولات لبنی دارد، در نهایت این موضوع منجر شده است که با توجه به شرایط اقتصادی کنونی، سرانه مصرف شیر و فرآورده‌های لبنی به‌شدت کاهش یابد. همچنین در چشم‌انداز و سند سال ۱۴۰۴ میزان سرانه مصرف ۱۶۰ کیلوگرمی برای هر فرد ایرانی لحاظ شده است، این در حالی است که بر اساس داده‌های آماری کشور در حال حاضر میزان سرانه مصرف حدود ۸۰ کیلوگرم است که قطعا باید برنامه‌ریزی‌های لازم صورت گیرد.
راهکار پیشنهادی
با توجه به ابلاغ حذف ارز ترجیحی در قانون بودجه ۱۴۰۱ و چالش‌هایی که صنعت لبنیات با آن مواجه شده است، پیشنهادهایی برای جلوگیری از هر گونه ضرر و زیان به صنایع کشاورزی، دامپروری و تبدیلی کشور و سلامت جامعه ارائه شده است: جبران و پرداخت مابه‌التفاوت حذف ارز ترجیحی به واحدهای تولیدی در راستای افزایش تولید محصولات با بهای تمام‌شده پایین‌تر و حضور فعال در بازار داخلی و صادرات و در نتیجه رونق اقتصادی. عدم مداخله‌گری دولت در بازار با استفاده از قیمت‌گذاری دستوری. مداخله‌گری دولت در بازار می‌تواند مشکلات عدیده‌ای از جمله عدم توانایی تامین مالی شرکت‌های لبنی، سرکوب رقابت بین شرکت‌های لبنی و کاهش کیفیت محصولات لبنی را به وجود بیاورد.
